В станции с нескольких городских линий звонки приходят на секретаря (аппарат не системный). Если секретарь уже приняла звонок и поступает еще один, то можно ли второму звонящему проиграть сообщение о том, чтоб он подождал? Или мелодию поставить из тех что в станции есть.

См. раздел Группы Абонентов (Hunt Groups) и их атрибуты. Т.е. см. возможности групп абонентов.
Вызов направлять в группу (секретарь может быть единственным агентом группы). По Таймеру Voice Anoounce 1 можно дать голосовое сообщение.
Можно сделать вторую группу (тоже с секретарем) и при занятости секретаря отправлять вызов по Alternative Dest. во вторую группу, где давать сразу сообщение о занятости. Вызов будет дожидаться ответа в очереди.

Вообще, лучше, конечно, секретарю системник поставить... а еще лучше- раз она напрямую принимает звонки, в вашем случае- лучше номера в серию поставить на ГАТС- и настроить атс так что если она трещит по одной линии звонок уходил на какого нить другого абонента.. сделать например группу по равномерному распределению вызовов(UCD)