По идее внутри станции линукс, скорее логи хранятся в какой-то БД, какой способ забрать эти данные на mssql? По хорошему бы конечно взять перетащить из БД станции в БД mssql напрямую.

Насколько известно, БД собственная. Допустим заберете, и что дальше с этим делать??
ИМХО, зачем выдумывать какие-то обходные пути взамен того, что предоставляет станция??
"Когда вагоновожатый ищет новые пути, трамвай сходит с рельсов!!!"

мы эти данные потом считываем другими программами из mssql и анализируем.
Наврядли они там свою БД применили, когда есть например бесплатный mysql на линуксе.

Но есть высокая вероятность, что они перенесли на линукс те базы, которые у них уже были от старой серии станций - LDK. Если у вас есть желание "ковырять" это, то что ж...
Вопрос с базами SQL уже поднимался (конфиг настроек). Корейцы ответили, что они не используют SQL.

купили http://www.aggsoft.com/pbx-data-logger/buy.htm за 5400 на одну атс. Успешно решает наши проблемы с забором логов.

Ок. Но это забор логов, а не самой БД.

забор самой бы бд решил бы кучу других моментов, но видать не судьба.