С внутренних телефонов через АТС не набираются цифры 3,6,9, при подключении напрямую телефона к VOIP адаптеру все работает отлично.
Значит приходим к неутешительному выводу, что проблема в АТС.

Возможен другой вывод: телефону выдают одну из частот в DTMF-посылке не совсем стандартной частоты, а VOIP адаптер менне требователен к этому делу, чем АТС. Следовательно неисправны телефоны.

телефоны аналоговые?
тоновые сигналы слышишь, когда кнопки жмешь?

Аналоговые
Сигналы присутствуют

С цифрового телефона, такая же песня

скинте атс в 0

я еще жить хочу
поменял в 404/9 значение с 42 до 5 и все цифры стали проходить...