Я, конечна, извиняюсь... Но Вам уже неоднократно писали, что при обновлении версии прошивки, если Вы закачиваете конфиг со старой версии, то базу данных (конфиг) нужно конвертировать, для чего и существует ПГМ452.
Если Вы этого не сделали, то и говорить не о чем.
Если сейчас стоит прошивка 3.9, то и приложение PC-Admin нужно использовать тоже версии 3.9.
Тогда в ПГМ452 увидите инициализацию всех версий до 3.9 включительно. И нужно сделать инициализацию всех версий от 3.5 до 3.9 включительно.

Конфиг был залит со старой версии АТС, PC Admin установлен последний, но как я говорил уже почему то кнопки инициализации активны только до версии 3.0 далее выше версии не нажимаются вообще, возможно когда будет инициализирована версия 3.0 то и другие версии будут активны для инициализации, а мне с какой версии начать инициализацию?

Что значит активны/неактивны ??
Вы видите в PC-Admin'е кнопки 3.5 и выше или нет??

Попробуйте выполнить ПГМ452 из режима программирования с системного телефона.

вижу все кнопки начиная с 2.2 до 3.9 в ПК АДМИН, а если сейчас инициализацию сделаю все настройки собьются? и с какой мне начать инициализацию?

После загрузки старого файла конфига (снятого с MPBE) на новый процессор MPBN в ПГМ452 ОБЯЗАТЕЛЬНО нужно сделать последовательную инициализацию всех промежуточных версий.
Если, к примеру, была версия 2.2, то нужно сделать инициализацию:
Init 2.3 -> Init 2.5 -> ....... -> Init 3.9

вижу все кнопки начиная с 2.2 до 3.9 в ПК АДМИН, а если сейчас инициализацию сделаю все настройки собьются? и с какой мне начать инициализацию?

Мдя.... Вызовите уже спеца (могу рекомендовать в Перми)...

Мдя.... Вызовите уже спеца (могу рекомендовать в Перми)... Ну, нельзя так испытывать терпение...

Вам же ясно написали: если была C.2 (3.2), то инициализировать все последующие версии вплоть до текущей (новой), т.е. от 3.5 по 3.9 включительно.
Сколько ж можно об одном и том же....

Всё. Прошу пардону, я пас.. Столько времени у меня нет.